איתמר פרת נולד באמסטרדם, הולנד, ועלה עם משפחתו לירושלים ב-1939. הוא למד גיאולוגיה וזואולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים והמשיך ללמוד מדעי הים במכון סקריפס לאוקיאנוגרפיה בקליפורניה. עם סיום לימודיו עסק בחיפושי נפט, מחקר גיאולוגי בחצי האי סיני ולימודי חוף בישראל. כמו כן עבד כמדריך טיולים, מתרגם ועורך, והשתתף בחפירות ארכיאולוגיות ברמת רחל, "עוביידיה" ותל דן.

בנוסף לפרסומי מחקר, הוא כתב מחזה רדיו, "ובמדבר מת" (1963), וכרך שירה, "חגיגת אסיף" (2020).

הוא היה נשוי למתרגמת והעורכת המהוללת עתליה זילבר.

מילדותו, פרת היה חדור עניין עמוק בחקר המקרא ובגיאוגרפיה על ידי אביו, רופא וחוקר יהדות. למרות שהוא מכיר את פירושי המקרא, הוא עוסק בעיקר בטקסט הכתוב ובפרשנויות העובדתיות שלו. הוא מאפיין את הפרוזה והשירה שלו כפנטזיות הנגזרות מהמציאות ההיסטורית, המבוססות על חקירה ארכיאולוגית ופליאוגרפית עדכנית.